Для активізації зовнішньоторговельної діяльності необхідне законода­тельно вирішити питання про додання особливого статусу прикордонним терри­ториям, використанні суб’єктами Федерації на свої потреби частини сум митних зборів
Головне питання, яке незмінно вставало на всіх стадіях рассмот­рения проекту Програми і який залишиться таким на всіх етапах її виконання, - де взяти кошти на здійснення Програми, враховуючи важку фінансову ситуацію в країні?
Загальна потреба у фінансових ресурсах на реалізацію Програми - 371 трлн. крб. (у цінах 1995 р.) - на перший погляд здається фантастиче­ской. Але в середньому на рік (реально, починаючи з 1997 р.) - це 41 трлн., або менше 8 млрд. дол. І це на 40% територій всієї Росії! А головне, до­полнительные засоби на Програму складають лише 114 трлн. руб.; ос­тальные 257 трлн. крб. (тобто 69%) - це витрати на здійснення інших вже прийнятих федеральних програм на території Далекого Сходу і Забайкалья. При цьому додаткова сума у меншій мірі лягає на федеральний бюджет (не більше 20 - 30%), а велику частину повинні со­ставить засоби бюджетів регіонів, інвестиційні фонди міністерств і відомств, власні засоби підприємств, засоби заставних фон­дов, іноземні інвестиції. Окрім прямого фінансування з феде­рального бюджету державна підтримка повинна виявлятися у вигляді державних гарантій кредитів вітчизняних і зарубіжних банків, наданих на найбільш ефективні інвестиційні проекти, включені в Програму. Таким чином, в принципі сама Програма повинна розглядатися як “державна гарантія” для залучення фінансових ресурсів.
Програма включає і механізми реалізації, у тому числі систему управления. Уявлення про структуру управління дещо змінилися після затвердження Програми. Тепер її найвищим органом є Пра­вітельственная комісія, що формується на паритетних початках з пред­ставителей федеральних органів і глав адміністрацій територій Даль­него Сходу і Забайкалья. Головним виконавським органом стане Ді­рекция Програми. Для управління фінансами Програми буде створений Фонд реконструкції і розвитку Далекого Сходу і Забайкалья, основ­ными завданнями якого є акумуляція фінансових коштів з державних федеральних і регіональних джерел, залучення частного вітчизняного і іноземного капіталів, обгрунтування предос­тавления державних гарантій для реалізації проектів, що мають першорядну вагу, і так далі Основну долю в капіталі Фонду матимуть державу і місцеві органи управління.