Іншою економічною проблемою СЕЗ з’явилося недбале витрачання на місцях і тих явно недостатніх засобів, що виділяються Федеральним бюджетом під реалізацію певних програм, ставить під питання їх реальне втілення. Так, наприклад, за інформацією (26), фахівці Рахункової палати, на підставі постанови Держдуми Росії від 3 лютого 1999 р., протягом декількох тижнів перевіряла ефективність використання засобів федерального бюджету, виділених на розвиток пріоритетних інфраструктурних проектів на території СЕЗ «Знахідка» в 1991-98 роках – тобто, фактично, за всю історію її існування. Документ про підсумки перевірки поступив в Примор’ї. У нім, зокрема, наголошується, що на 1 січня поточного року загальна сума боргу Адміністративного комітету (АК) СЕЗ «Знахідка» за використані кредити з федерального бюджету складає 315 млн. крб. При цьому основний борг - 59,7 млн. рублів, заборгованість по сплаті відсотків - 124,1 млн. крб. і штрафи - 131,2 млн. крб. У статутній капітал 73 різних підприємств Адміністративним комітетом було внесено 40,998 млн. крб. Жодних доходів від цих вкладень не поступало. Більш того, за станом на 1 січня 1999 р. 29 з цих підприємств вже припинили свою діяльність, а 6 знаходяться у стадії ліквідації. При цьому АК СЕЗ «Знахідка» взагалі не мав права брати участь в створенні цих підприємств. Як мовиться в звіті Рахункової палати, «одним з найбільш характерних порушень валютного законодавства є переклад АК СЕЗ «Знахідка» іноземної валюти в сумі 707 тис. дол. на рахунки інофірм в оплату імпортних контрактів, ув’язнених російськими фірмами, без ліцензії (дозволи) Банку Росії, що противоречит вимогам Закону РФ «Про валютне регулювання і валютний контроль».
Характерна і проблема вітчизняної «офшорної» зони в Інгушетії. За час її функціонування так і не були створені регулятивні механізми, адекватні поставленим завданням. На кінець травня 1995 року з 2067 зареєстрованих в зоні підприємств функціонували на її території лише 19 (0,01%). Останні 99,9% лише скористалися пільгами для відведення своїх капіталів від оподаткування, користуючись тим, що в РФ податки нараховуються по місцю юридичної адреси платника податків. Як відзначає (29), зональні пільги з інструменту модернізації економіки і залучення в країну іноземних інвестицій перетворилися на засіб прихованого субсидування певних регіональних угрупувань і спосіб первинного накопичення капіталу з подальшим його перекладом за рубіж. Вирішення цієї проблеми бачиться в перекладі пільг на регіональний рівень, а федеральні засоби слід направляти в СЕЗ у вигляді цільових кредитів і інвестиційних програм під строгим контролем центру.