Підпрограма “Рибогосподарський комплекс” передбачає увеличе­ние улову риби і видобутку морепродуктів в 2000 р. до 3,5 млн. т і в 2005 р. - до 3,8 млн. т. Повинен істотно зрости нерибний промисел, в першу чергу кальмарів і інших молюсків, ракоподібних, а також марикультури. Планується виділення засобів на придбання судів, вміст науково-дослідного і аварійно-рятівного флоту, намічається реконструкція і технічне переозброєння оброблювальних пред­приятий для випуску продукції, що має стійкий попит.
Головна зміна в паливно-енергетичному комплексі - це освоєння нафтових і газових родовищ на шельфі о. Сахалін і в Якутії. У 2005 р. видобуток газу складе 22 млрд. м3 (з них 10 млрд. м3 - на экс­порт), нафти - 20,8 млн. т, що дозволить задовольнити потреби регіону в нафтопродуктах на 50 - 60% (в даний час - 7 - 8%). Видобуток вугілля може зрости до 85 млн. т, що майже повністю забезпечить потреби регіону в твердому паливі. У електроенергетиці передбачається ввести на повну потужність Бурейськую ГЕС, збільшити вироблення електроенергії в 2005 р. до 70,7 млрд. кВт. ч.
Основні структурні зміни в машинобудуванні - організація виробництва устаткування для галузей спеціалізації, розвиток станко­строения, приладобудування, електротехніки, головним чином дорогою пере­специализации оборонних підприємств, що діють. У Програму вклю­чены конверсійні програми по 22 підприємствам. Створюватимуться малі підприємства по виробництву наукоємкої продукції, а також заво­ды по збірці продукції на базі комплектуючих виробів, що імпортуються з країн Східної і Південно-східної Азії. Передбачається випуск авіаційної техніки цивільного призначення з використанням подвійних технологій.
Ставиться завдання здолати спад сільськогосподарського виробництва на основі поліпшення його спеціалізації з врахуванням природних умов. Обгрунтовується збільшення виробництва зерна до 3,2 млн. т, сої - до 600 тис. т, повне забезпечення потреби макрорегіону в картоплі і на 70% - в овочах.
Програмні заходи щодо розвитку транспортної инфраструк­туры включають закінчення будівництва Бама і АЯМа (Амуро-якутской магістралі), реконструкцію ділянок Транссиба і створення єдиної желез­нодорожной мережі Сахаліну, будівництво двох мостових переходів через Амур, розширення перевантажувальних потужностей 12 морських портів, формиро­вание опорної автодорожньої мережі (у тому числі завершення автодороги Чи­та - Хабаровськ), реконструкцію аеропортів і оновлення авіапарку. Має бути покращуване транспортне обслуговування північних територій. Базовий порт Ленського басейну після завершення АЯМа буде перенесений до Якутська