Проблема використання ідеї СЕЗ на користь вузьких груп лобістів, накопичення за її рахунок політичного капіталу деякими чиновниками на місцях наводить до дискредитації в целм прогресивного почину. Річ у тому, що на самому початку (ще на етапі існування СРСР) задум створення зон був використаний керівництвом союзних республік як інструмент політичної протидії союзному центру. Напередодні виборів російського президента роздача «зональних повноважень» була символом ліберального відношення керівництва РРФСР до регіонів, а потім, з отриманням Росією суверенітету, «вибивання» цих повноважень стало засобом аналогічної боротьби, тепер уже - з боку керівників регіонів по відношенню до федеральних властей.  І сьогодні ідея створення СЕЗ все ще залишається засобом політичного тиску регіонів на уряд, хоча практичні зусилля по організації зон усе більш зміщуються на місцевий рівень. Можливо, саме тому сенатори відхилювали настільки необхідний Федеральний закон
«Про Вільні економічні зони в РФ» - внесення повної ясності до цього питання позбавило б багато з них деяких важелів дії на центр.
Іншою важливою проблемою є підтримка економічної безпеки держави і його інтересів на належному рівні. Так і не ставши в сучасних умовах «экспортопроизводящими», вільні зони повною мірою стали «экспортосырьевыми», тобто крупними, часто несанкціонованими і неконтрольованими експортерами стратегічних сировинних ресурсів і «не зовсім законних» капіталів. В умовах паливної кризи експортна діяльність СЕЗ викликає немало нарікань.
Одночасно слід зазначити особливе геополітичне положення деяких зон. Так, область Калінінграда грає і гратиме стратегічно важливуроль в забезпеченні політичних, економічних і військових інтересів Росії в Європі. З врахуванням планів НАТО по включенню до складу альянсу східноєвропейських країн і держав балтії військово-стратегічне значення області ще більш зростає. В зв’язку з цим (19) передбачає комплекс заходів, направлених на забезпечення життєдіяльності регіону, у тому числі при виникненні можливих кризисних ситуацій. До стратегічно важливих галузей Програма відносить:
транспортний комплекс;
паливно-енергетичний комплекс;
агропромисловий комплекс;
зв’язок і телекомунікації.
Проблеми забезпечення цілісності і національної безпеки країни в не малій мірі характерні і для інших СЕЗ – таких, як «Знахідка», «Сахалін» і ін.